Ježek se během listopadové revoluce v roce 1989 zúčastnil založení Občanského fóra. Poté patřil k zakládajícím členům Občanské demokratické aliance (ODA), za kterou šest let zasedal v Poslanecké sněmovně. V roce 1995 přešel z ODA do tábora ODS.

Byl spolu s Václavem Klausem jedním z otců české privatizace státních podniků v devadesátých letech.

Před pádem komunistického režimu pracoval v Ekonomickém a později Prognostickém ústavu Akademie věd. V 90. letech působil jako poradce tehdejšího ministra financí Václava Klause, po prvních svobodných volbách vedl dva roky ministerstvo privatizace, stál rovněž v čele Fondu národního majetku. Dvakrát neúspěšně kandidoval do Senátu, poté externě vyučoval na Vysoké škole ekonomické v Praze.

Ekonom a bývalý ministr Tomáš Ježek, který podlehl vážné nemoci, měl velkou zásluhu na české ekonomické transformaci, reagoval na jeho úmrtí bývalý prezident Václav Klaus. Podle současného prezidenta Miloše Zemana zemřel člověk, který upřímně věřil své práci. Politici to sdělili v reakci na informace o úmrtí ekonoma, který je považován za jednoho z tvůrců kuponové privatizace.

"Zpráva o úmrtí mého dlouholetého kolegy a přítele Tomáše Ježka mne velmi zarmoutila," uvedl Klaus. Podotkl, že se znali od dětství, navštěvovali stejné školy a oba uchvátila ekonomická věda. "Dokonce jsme spolu v jednom dorosteneckém družstvu hráli košíkovou. Setkávaly se i celé naše rodiny," uvedl Klaus.

Dodal, že po listopadu 1989 Ježek patřil k jeho blízkým spolupracovníkům na tehdejším ministerstvu financí. "Má velkou zásluhu na naší ekonomické transformaci a na úspěšném průběhu a výsledcích privatizace," podotkl. Klaus poznamenal, že ho velmi mrzelo, že se mu Ježek v jisté chvíli začal politicky a později i lidsky vzdalovat. "Jeho pozdější zahořklost mne velmi trápila. V posledních letech jsme se vídali už jen na zasedáních Vědecké rady Národohospodářské fakulty VŠE," dodal. Odešla podle něj významná osobnost akademického i politického života.

"Zemřel člověk, který upřímně věřil své práci a jejímu smyslu," uvedl k Ježkovu úmrtí prezident Zeman podle svého mluvčího Jiřího Ovčáčka.

Podle místopředsedy Sněmovny a šéfa ODS Petra Fialy patřil Ježek k důležitým postavám polistopadového vývoje. Bývalý premiér, někdejší šéf ODS a jeden ze současných kandidátů na prezidenta Mirek Topolánek poznamenal, že Ježek byl nejen jedním z otců ekonomické transformace, ale také férový, slušný a rovný chlap. "Co dělal, dělal pro lepší budoucnost našich lidí," poznamenal. Za života byl podle něj oceněn méně, než si zasloužil. Přeje si proto, aby se dostatečných poct dočkal alespoň nyní.

Další z prezidentských kandidátů Marek Hilšer uvedl, že Ježek byl skvělý ekonom, který si víc než kdo jiný uvědomoval, že volný trh a kapitalismus nebudou dobře fungovat bez efektivního právního rámce.