Nově zvolený rektor by se měl čtyřleté funkce ujmout v únoru 2018 po jmenování prezidentem. Mezi jeho hlavní úkoly bude patřit zejména dokončení příprav a nastartování nové struktury studijních oborů v souvislosti s novelou vysokoškolského zákona a novým nastavením akreditačního procesu.

Rektora volí akademický senát v tajné volbě

V prvním kole může zvítězit kandidát s nadpolovičním počtem hlasů. V případě, že žádný z navržených tolik hlasů nedostane, koná se další kolo voleb. Zimu, který byl před rokem 2014 děkanem 1. lékařské fakulty, navrhlo do volby devět ze 17 fakult, které univerzita má. Černého nominovaly senáty přírodovědecké a filozofické fakulty. Podpora fakultních senátů ovšem kandidátům nezaručuje, že pro ně budou stejně hlasovat i členové akademického senátu.

Nový rektor povede školu, na které bylo loni zhruba 49.000 studentů a asi 11.400 zaměstnanců a která v minulém roce hospodařila s přibližně 7,2 miliardy korun z veřejných rozpočtů. Jeho funkční období skončí v roce 2022.