V roce 2006 podepsal smlouvu o smlouvě budoucí, která budovateli protonového centra garantovala hrazení léčebných výkonů pro 1650 pacientů ročně – a udělal to bez konzultace s právním oddělením pojišťovny i v rozporu s míněním některých lékařů, podle nichž je léčba protonem vhodná jen pro velmi omezený okruh pacientů. Podle obžaloby tak hrozil vznik miliardové škody.

Pečenka trvá na tom, že šlo nikoli o závazek, ale jen o příslib investorovi, aby mohl začít stavět; konečné ceny pak měly vypadat jinak v reakci na aktuální vývoj na evropském trhu těchto služeb. Smlouva, již Pečenka podepsal těsně předtím, než ve funkci skončil, ani nebyla zařazena mezi dokumenty, které se v pojišťovně nacházely. Nakonec soud rozhodl, že smlouva neplatí.

Jednání soudu pokračuje na konci září.