Obžaloba viní Šišku z pokusu o zneužití pravomoci úřední osoby a z pokusu o porušení předpisů o pravidlech hospodářské soutěže. Údajně chtěl pro IBM nezákonně zajistit zakázku na dodání systému, který by kontroloval posudkové lékaře a zabránil zneužívání sociálních dávek.

Kauza Šiška 

Smejkal pak podle obžaloby pro ministerstvo vypracoval nepravdivý posudek, podle nějž nemohla požadovanou službu poskytnout žádná jiná firma než IBM. Tendr zrušil antimonopolní úřad poté, co si na krok ministerstva stěžovala jiná softwarová společnost.
Dvaašedesátiletý Smejkal i o deset let mladší Šiška, kvůli jehož kauzám rezignoval v říjnu 2012 ministr Jaromír Drábek (TOP 09), vinu popírají. Šiška už byl v jiné kauze související se zmanipulováním ministerských IT zakázek na provoz systému výplaty sociálních dávek pravomocně odsouzen ke čtyřletému vězení.