Protože rychlíky z Prahy do Českých Budějovic nejezdí jenom přes Beroun, Zdice, Příbram, Březnici, Písek a Protivín, ale i kratší trasou přes Benešov a Tábor, policie přijala bezpečnostní opatření i v Benešově.

Už před polednem byli cestující ze všech vlaků a prostor nádraží evakuováni. Od nástupišť odjely soupravy výchozích osobních vlaků do Prahy, Vlašimi a Tábora, jež byly do skončení bezpečnostních opatření deponované na odstavných kolejích.

Souprava rychlíku R203 F. A. Gerstner z Prahy do Českých Budějovic a rakouského Sumerau byla po vystoupení cestujících odtažená na slepou odstavnou kolej u měnírny trakčního napětí  jižně od stanice a důkladně prohledaná kynology a pyrotechniky.

Benešovské nádraží se do normální režimu vrátilo ve 12.15 hodin, kdy železničáři po odjezdu rychlíkové soupravy na měnírnu opět soupravy pro výchozí vlaky přistavili k nástupištím. Mezitím dorazil i zpožděný rychlík od Českých Budějovic do Prahy, který vyčkával před Benešovem.

"V Příbrami se normální režim na vlakové nádraží vrátil z bezpečnostních důvodů až po 13. hodině, na kdy byl oznámen výbuch, přestože vlak byl prověřen už v Praze a výsledek byl negativní," dodala příbramská policejní mluvčí Monika Schindlová.