Nejvyšší kontrolní úřad prověřil, jak ministerstvo a Ředitelství silnic a dálnic (ŘSD) do roku 2017 budovaly a provozovaly systém elektronického mýtného. Kontrola ukázala, že náklady spojené s výběrem mýtného byly v porovnání s příjmy vysoké. Jedním z důvodů byla nekoncepčnost postupu ministerstva pod vedením Dana Ťoka (za ANO). 

Nákladovost českého systému výběru mýtného činí přibližně 31 procent, i po odečtení nákladů na vybudování infrastruktury stále vysokých 24 procent. V Rakousku, které využívá podobnou technologii jako Česká republika, tato hodnota dosahovala jen 12 procent. 

Za vysoké náklady mohou také časté změny. Ministerstvo dopravy například v roce 2008 zaplatilo přes 770 milionů korun za satelitní rozhraní pro zpoplatnění silnic nižších tříd, které ale nikdy nevyužilo. Část z pořízené technologie v hodnotě 189 milionů korun resort dokonce bez využití zlikvidoval.

Dalším dopadem neujasněného řešení a častých změn je například i pozdní zavedení evropské služby elektronického mýtného za 372 milionů korun. Ta měla být v provozu nejpozději v roce 2012. Ministerstvo se ale touto službou začalo zabývat až rok po termínu a nakonec ji zavedlo s pětiletým zpožděním až v roce 2017. 

Časté změny v možném řešení výběru mýtného měly vliv i na výběr dodavatele. Ťok změnil varianty způsobu výběru ještě v roce 2016, kdy už měla skončit smlouva se stávajícím dodavatelem, přičemž žádné z možných řešení nevycházelo z ucelené koncepce a objektivní analýzy možností. „Ministerstvo dopravy se navíc začalo až v roce 2015 zabývat závislostí na jednom dodavateli, na kterou úřad upozornil už v roce 2013,“ uvedli ve své zprávě kontroloři.

Výsledkem je prodloužení smlouvy s firmou Kapsch o tři roky, a to zadáním ve formě jednacího řízení bez uveřejnění. Podle NKÚ byl však takový postup v rozporu se zákonem, přičemž do patové situace se dostal rezort sám svými kroky.

V prodloužené smlouvě navíc zůstaly body, které jsou podle úřadu neopodstatněné. Ministr například nevysvětlil, proč chce vynaložit 58 milionů korun na vztahy s veřejností. Dodavatel má také jednotlivé součásti mýtného systému za více než čtvrt miliardy obnovovat, ačkoli ministerstvo plánuje celý systém technicky zastaralý ukončit.