Nejvyšší kontrolní úřad důkladně prověřil účetnictví MMR za rok 2016. Kontroloři zjistili, že některé části závěrečného účtu ministerstva nebyly úplné. Rezort například neuvedl hodnocení hospodárnosti, efektivnosti a účelnosti výdajů v jednotlivých kapitolách, mnoho dalších údajů bylo lživých. 

V účetní závěrce za rok 2016 zjistili kontroloři významné nesprávnosti za více než 8 miliard korun. Podle NKÚ tak účetní závěrka MMR za rok 2016 nepodává věrný a poctivý obraz předmětu účetnictví. Ministerstvo například nesprávně ocenilo podíly na zisku akciové společnosti vyplacené formou nefinanční dividendy, navíc je nepromítlo do výsledku hospodaření. 

MMR dále v účetní závěrce nevykázalo veškeré peněžní prostředky, se kterými hospodařilo, ani pohledávky za subjekty, kterým poskytlo příspěvky a půjčky. Významné chyby se objevily také v oblasti transferů. Na podrozvahových účtech pak MMR nevykázalo některé významné dlouhodobé podmíněné závazky a pohledávky z uzavřených smluv. Nevykázalo ani žádné podmíněné závazky z rozhodnutí o poskytnutí dotace v rámci národních dotačních programů, i když tato rozhodnutí vydávalo. 

Ministerstvo se proti výsledkům kontroly ohradilo. Některé výtky jsou podle rezortu víceméně formální, další údajně vycházejí z odlišného odborného názoru. „MMR své postupy konzultuje s ministerstvem financí, které je odborným gestorem a metodikem,” uvedl vedoucí tiskového oddělení rezortu Vilém Frček. Poukázal přitom na to, že NKÚ našel miliardové nesrovnalosti i v účetnictví ostatních ministerstev a že ministerstvo pro místní rozvoj vyšlo z kontroly v porovnání s předchozími lety lépe.

Nesprávnosti zjištěné v účetní závěrce MMR za rok 2016 přesto kontroloři označili za významné. Vznikly například kvůli chybnému zatřídění dotací poskytovaných českým příjemcům. MMR je totiž už řadu let nesprávně vykazuje jako výdaje na mezinárodní spolupráci. 

Kontrola upozornila také na to, že ministerstvo dlouhodobě neodvádí do státního rozpočtu všechny peněžní prostředky, které mají být příjmem státního rozpočtu. Namísto toho je ponechává na zvláštních bankovních účtech mimo rozpočet. Porušuje tím rozpočtová pravidla. Na konci předloňského prosince šlo celkem o 13,7 milionu korun. 

Kontroloři prověřili i nápravu nedostatků z předchozí kontroly. Zjistili, že MMR provedlo jen necelou polovinu nápravných opatření uložených vládou. Přesto ale úředníci prohlásili, že všechna opatření proběhla tak, jak měla.