Původní funkcí alejí bylo vytvoření souvislého stínu, který zvyšoval pochodovou aktivitu vojsk i tažnou sílu zvířat. V zimě aleje ukazovaly trasu, když samotné cesty byly zaváty sněhem. Kromě toho byly aleje i významným orientačním prvkem v krajině. Vytvářením úkrytů a stanovišť zvyšují přírodní biodiverzitu, působí příznivě na místní mikroklima (například jako větrolamy) a v některých případech i jako ochrana před závějemi.
Přesto dnes někomu vadí. Tedy hlavně silničářům. Prý činí vozovky nepřehlednými, zejména v zatáčkách a při případném sjetí vozidla z vozovky jsou stromy příčinou často smrtelných zranění. Francouzské výzkumy vycházející ze srovnání bezpečnosti provozu na silnicích s alejemi a bez nich ukazují, že aleje na bezpečnosti neubírají. Ba naopak, řidiči si dávají větší pozor.
Ovšem u nás se často aleje likvidují pod záminkou stáří a nemoci stromů. Že tomu tak asi není, ukazují statistiky z let 2003 až 2010: Za 106 670 vykácených stromů silničáři vysadili jen 63 196 nových. Bude-li obnovena výjimka umožňující prakticky volné kácení, budou tato čísla zakrátko ještě smutnější.
