Zmatky a často kritizované kroky ministerstva kultury začaly první srpnový den, kdy se nový ředitel ND Jan Burian ujal funkce a okamžitě jej odvolal nový ministr kultury v úřednickém kabinetu Jiří Balvín. Vysloužil si za to kritiku a premiér Jiří Rusnok Balvínovi nařídil vrátit Buriana do funkce, což se druhý den stalo. Na protest proti způsobu odvolání ředitele dala téměř polovina souboru včetně uměleckých vedoucích výpověď. Burian se s většinou umělců později dohodl, že vzali výpověď zpět. Definitivní odchod však potvrdili Richard Krajčo a Miroslav Donutil. Ten bude v úspěšných inscenacích Sluha dvou pánů, Věc Makropulos a Revizor vystupovat jako externista.

Od 2. září byl reorganizován dosavadní soubor opery. Vznikly dvě samostatné umělecké správy: pro Národní divadlo a pro Státní operu. Umělecká správa ND bude mít sídlo v provozní budově ND. Operní centrála se bude koncepčně věnovat celkové umělecké strategii a systému řízení. Umělecké správy budou odpovídat za provoz a premiéry a vše, co k tomu patří.

Ředitelkou spojené Opery Národního divadla a Státní opery je divadelní manažerka Silvie Hroncová, uměleckým ředitelem obou operních souborů je Petr Kofroň, hudebním ředitelem souboru Národního divadla se stal dirigent Robert Jindra a Státní opery Martin Leginus.

Na začátek sezony připravila Opera několik změn

O osudu Opery ND, jejíž transformace byla zahájena loni v lednu, podle premiéra v demisi Rusnoka rozhodne příští vláda. O přeměně pražské operní scény, která vyvolala mnoho protestů zaměstnanců bývalé Státní opery Praha a části odborné veřejnosti, rozhodlo ministerstvo kultury pod vedením Jiřího Bessera (TOP 09/STAN). „Je nutné to logisticky připravit a nechat projít nějakou národní diskusí, protože přece jenom je to Národní divadlo. Domy obstojí jako dva autonomní soubory jedině v případě, že budeme produkovat více premiér a jednotlivé domy budou dramaturgicky profilované. Státní opera by měla hrát velký romantický repertoár a Národní divadlo by mělo podle mě hrát český repertoár," uvedl umělecký šéf obou operních souborů Kofroň, který prý není příznivcem dovozu zahraničních režisérů jenom proto, „abychom vypadali světově".

Pro začátek sezony 2013/14 přichystala Opera Národního divadla (ND) několik změn v chystaném dramaturgickém plánu. Na jevištích Státní opery, potažmo Stavovského divadla se neobjeví Lehárova Veselá vdova a inscenace oper Henryho Purcella a Víta Zouhara Dido a Aeneas a Coronide. Zrušena je také dvojice koncertů děl Antonína Dvořáka, které měly být uvedeny na jevišti ND v rámci Roku české hudby.

V nadcházející sezoně se operní příznivci mohou těšit na čtyři premiéry operních inscenací, dvě obnovené premiéry a také dva koncertní projekty. V současné době se koná tradiční Verdi festival. Sérii dvaceti představení zakončí 25. října v Národním divadle premiéra inscenace Simon Boccanegra v režii Davida Pountneyho a hudebním nastudování Jaroslava Kyzlinka.

Úvodní premiérou sezony bude 18. září na jevišti Divadla Kolowrat nové dílo Aleše Březiny s názvem Toufar. Režie se ujal několikanásobný držitel ocenění Český lev Petr Zelenka, pro kterého to bude operní debut.