Zeman už před prezidentskými volbami uvedl, že nebude udělovat milosti s výjimkou striktně omezeného okruhu humanitárních případů. Pravomoc provádět řízení o milostech převedl v prosinci 2013 na ministra spravedlnosti, protože ji pokládá za „zbytečně monarchistický prvek" v ústavě.

Ministerstvo spravedlnosti ročně obdrží zhruba 600 žádostí odsouzených nebo jejich blízkých o milost. Drtivou většinu musí po přezkoumání zamítnout, protože nesplňují přísná kritéria, která Zeman nastavil.

První milost

První milost prezident udělil letos v únoru muži odsouzenému na tři roky za méně závažnou majetkovou trestnou činnost, který si část trestu odpykal a poté byl kvůli zdraví podmínečně propuštěn do nemocničního ošetřování. Druhou pak v květnu, kdy omilostnil ze zdravotních důvodů odsouzeného muže. Prominul mu zbytek jednoho trestu a tři celé tresty odnětí svobody v celkové výši zhruba 29 měsíců.

Druhou udělenou milostí se zabývala média, jelikož se zjistilo, že omilostněný muž má 15 záznamů v rejstříku trestů. Mimo jiné opakovaně řídil auto bez řidičského průkazu a nenastoupil do vězení. Trpí cukrovkou, v minulosti nespolupracoval s lékaři. Ministr spravedlnosti Robert Pelikán (ANO) tehdy napsal Zemanovi v podnětu k vyřízení milosti, že by se přiklonil k jejímu zamítnutí.

Z českých prezidentů institut milosti nejvíce využíval Václav Havel, který omilostnil 1247 pachatelů a předtím jako federální prezident dalších 601. Zemanův předchůdce Václav Klaus udělil milost ve 412 případech. Poslední komunistický prezident Gustáv Husák rozdal jen v roce 1988 celkem 2028 milostí.

Od roku 1993 bylo na Hradě uděleno přes 1660 milostíZeman (ve funkci od března 2013) poprvé omilostnil letos v únoru muže odsouzeného na tři roky za méně závažnou majetkovou trestnou činnost, který si část trestu odpykal a poté byl kvůli zdraví podmínečně propuštěn do nemocničního ošetřování.
Druhé žádosti prezident vyhověl v květnu, kdy odsouzeného omilostnil rovněž ze zdravotních důvodů. Prominul mu zbytek jednoho trestu a tři celé tresty odnětí svobody v celkové výši zhruba 29 měsíců. Muž byl odsouzen za maření výkonu úředního rozhodnutí a vykázání.
Už před prezidentskými volbami v roce 2013 Zeman řekl, že nebude udělovat milosti s výjimkou striktně omezeného okruhu humanitárních případů. Pravomoc v udílení milostí převedl v prosinci 2013 na ministerstvo spravedlnosti.
Zemanovi porevoluční předchůdci na Pražském hradě Václav Havel a Václav Klaus udělili mezi lety 1993 a 2013 celkem 1659 milostí, ať už šlo o prominutí či změnu trestu nebo zastavení trestního stíhání.
Zhruba tři čtvrtiny z nich (1247) připadly na Havlovo úřadování (1993 až 2003). V letech 1993 až 1997 udělil 902 milostí, mezi lety 1998 až 2002 pak 345. Nejvíce lidí prezident omilostnil v letech 1994 (407) a 1995 (107).
Klaus udělil za desetiletého úřadování na Hradě (2003 až 2013) individuální milost 412 lidem. Za první pětiletý mandát prominul trest 218 lidem, v druhém sáhnul ke stejnému kroku ve 194 případech. Nejvíce milostí (69) udělil Klaus v roce 2009.
Havel uděloval milosti také jako federální prezident, celkem jich bylo 601.
Poslední komunistický prezident Gustáv Husák jen v roce 1988 udělil 2028 milostí.